En Batman: Gotham City Chronicles, un villano se enfrenta a un equipo de héroes en uno de los múltiples escenarios. Cada héroe tiene su propio personaje, y lo controla gastando energía para realizar acciones (como ataques cuerpo a cuerpo y a distancia, desactivar bombas...) recuperando más o menos energía al principio de su turno dependiendo de su postura. Si el héroe recibe daños, la energía se traslada a una zona de heridas, y si pierden toda su energía, entonces están fuera de acción durante un tiempo para recuperar su fuerza. Cada héroe tiene diferentes fuerzas para sus habilidades, y estas fuerzas están representadas por dados de colores con diferentes valores; cuanta más energía gaste un héroe en una habilidad, más dados de ese color podrá tirar.

El villano controla un equipo de secuaces y villanos icónicos del universo de Batman, y estos personajes están representados por fichas en su tablero de mando, y los personajes cuestan 1, 2, 3, etc. energía para activarse a medida que te mueves de izquierda a derecha por la línea. Una vez que se activa un personaje, se mueve al final de la línea, aumentando su coste hasta el valor máximo en caso de que quieras volver a utilizarlo inmediatamente, y disminuyendo el coste de las demás fichas.

El juego de Batman: Gotham City Chronicles se basa en el de Conan, con revisiones de las habilidades de los personajes, la adición de dos tipos diferentes de dados (con un total de cinco tipos), y una configuración modificada para dos jugadores, el Modo Versus, en el que cada jugador tiene un tablero de mando y su propio equipo de fichas que puede elegir, con héroes que se enfrentan a villanos.