En 1845, Sir John Franklin dirigió una expedición en nombre de la Marina Real Británica para encontrar y explorar la última porción del Paso del Noroeste, sin importar el costo. La Royal Navy le dio a Franklin dos pesados barcos (HMS Terror y HMS Erebus) llenos de equipo científico, 1000 libros, una tripulación de 128 hombres y comida suficiente para tres años. Salieron de Inglaterra en mayo y se encontraron con balleneros en la costa occidental de Groenlandia en agosto. Allí esperaron a que las condiciones meteorológicas fueran más favorables para cruzar el estrecho de Lancaster. Una vez que el tiempo mejoró, navegaron hacia aguas desconocidas, y nadie volvió a saber de ellos...

Su desaparición provocó un gran revuelo en la opinión pública, y numerosas expediciones británicas y americanas intentaron encontrar su rastro. Como líderes de estas expediciones en Expedition: Northwest Passage, los jugadores deberán aventurarse en estas peligrosas aguas árticas para descubrir el destino de Franklin y tener éxito donde él fracasó: encontrando el Paso del Noroeste. Los jugadores asignan a sus tripulantes en su barco o en su trineo para que realicen diversas acciones, como explorar, desplazarse o reunir pistas sobre el paradero de la expedición de Franklin.

A medida que el juego avanza, las estaciones pasarán y algunas partes del mar se congelarán, bloqueando el camino de los barcos. Los jugadores adquieren puntos de victoria reuniendo pistas, cartografiando la zona y, por supuesto, descubriendo el Paso del Noroeste. Sin embargo, para conseguir la victoria, ¡hay que volver a casa, a Groenlandia, a tiempo!