Level 7 (Omega Protocol) continúa justo donde el Level 7 (ESCAPE) lo dejó. Las instalaciones de Subterra Bravo se han visto sumidas en el caos por las acciones de los jugadores en ESCAPE, y ahora el gobierno ha enviado una unidad de fuerzas especiales de alto secreto y altamente entrenada para cerrar las instalaciones y eliminar todo lo que queda en la base.

Level 7 (OMEGA PROTOCOL), un jugador asume el papel de supervisor mientras que otros dos o cinco jugadores asumen el papel del equipo de élite de operaciones especiales. El papel del Supervisor en el juego es controlar a todos los habitantes alienígenas y los desafíos que los jugadores enfrentan a lo largo del juego. Los jugadores intentan conseguir objetivos específicos basados en el escenario explorando un mapa que se ha trazado al principio y luchando contra las hordas de alienígenas que el Supervisor les envía.

El juego se basa en la adrenalina, que es la moneda que los jugadores soldados utilizan para realizar acciones. Generan adrenalina para hacer cosas como moverse, atacar y realizar acciones especiales como activar un espacio objetivo. Esa generación también tiene un efecto negativo para ellos, ya que esa adrenalina se transfiere al jugador supervisor, quien la utiliza para engendrar extraterrestres, crear nuevas amenazas y perjudicar las posibilidades de éxito de los soldados durante el escenario. Cuantas más acciones realicen los jugadores de Operaciones Especiales, más recursos tendrá el Supervisor para trabajar.

Los personajes de Level 7 (Omega Protocol) están representados por miniaturas, y cada personaje de Operaciones Especiales y extraterrestre tiene diferentes atributos, poderes y habilidades y equipo personalizables.