En el Primordial Soup cada jugador controla una especie de organismos primitivos "ameboides". Juntas estas especies forman un ecosistema donde cada una se alimenta de los excrementos de las otras. Para ganar, un jugador debe guiar la evolución de sus especies para aumentar su población y la sofisticación de sus genes.

Cada ronda consta de varias fases. En primer lugar, cada organismo debe moverse (ya sea a la deriva o bajo su propio poder) y luego alimentarse. A continuación, el medio ambiente sufre un cambio aleatorio que cambia la dirección de la deriva y puede obligar a algunos organismos a renunciar a los genes. Entonces la especie puede comprar nuevos genes, y luego puede reproducirse. En este punto, algunos organismos morirán y finalmente cada especie es marcada. Esto se repite hasta que una especie obtiene por lo menos 42 puntos o se agotan las tarjetas del medio ambiente.

Los posibles genes incluyen genes para un mejor control de los movimientos, un metabolismo más eficiente, una reproducción más eficiente, ataque y defensa.