De uno de los laboratorios más perdidos de la Atomic Biochemistry Brave Academy (ABBA), surge un grito que clama al cielo: “¡Eureka!”. Tras años de investigación, el profesor Röntgen ha inventado un nuevo cachivache que parece ser capaz de modificar la composición atómica de los objetos, hasta el punto de poder reducirlos y aumentarlos a su antojo. Pero los bajos fondos del mundo científico son repugnantes y su "colega", archienemigo y antiguo alumno suyo, el profesor Stern, está decidido a robarle la idea. Y es que en los próximos días se determina qué departamento obtiene la subvención de la academia para continuar con su trabajo, así que la seguridad de los experimentos se ha convertido en algo secundario. Ambos profesores deben emplear a sus estudiantes eficientemente para tratar de obtener los resultados más espectaculares posibles, mientras tratan de sabotear discretamente a su rival.

Para conseguir las mejores muestras experimentales, debes utilizar el rayo para manipular el valor y el tamaño de los dados de tu color, a la vez que saboteas a tu oponente modificando los suyos. Contra mayor sea el valor de un dado y menor sea su tamaño, más puntos otorga al jugador de ese color. En Ray Master, para ganar la partida (¡y hacerte con la subvención!), tendrás que ser tú el que consiga más puntos de este modo.

Durante tu turno puedes realizar una o más acciones (sin repetir ninguna). Las acciones disponibles están representadas en el tablero a modo de cuadro de mandos, y para realizarlas necesitas emplear científicos y estudiantes. Los turnos se juegan en tres pasos consecutivos. Cuando los termines, le toca jugar a tu oponente y os iréis turnando así hasta que acabe la partida. Los pasos son los siguientes:

Selección de acciones: Selecciona las acciones a realizar. Elige un estudiante de tu mano y ponlo en el cuadro de mandos, de forma que tape la acción correspondiente. A continuación, emplea a tus científicos para seleccionar una o más acciones, según el caso, como se explica más abajo. Nota: no puedes repetir la acción de la carta de estudiante.
Resolución de acciones: En el orden que desees, resuelve cada una de las acciones seleccionadas, retirando al hacerlo al estudiante o científicos correspondientes. Las cartas de estudiante retiradas van a al mazo de descarte, pero los científicos los recuperas para tu siguiente turno. Si no has disparado en este turno, además de tus 2 científicos, coge también al científico extra, que te ayudará durante el turno siguiente. Si ya lo tenías y en este turno has disparado, devuélvelo.
Reclutar un nuevo estudiante: Una vez resueltas las acciones, roba una nueva carta. Deberás seguir robando al final de cada turno hasta que se acabe el mazo de robo. Una vez se acabe el mazo de robo, seguirás jugando con las cartas que te queden en la mano. Cuando se haya empleado a todos los estudiantes (no tengas cartas en la mano), vuelve a barajar los estudiantes para formar un nuevo mazo de robo y robad dos cartas cada uno, para continuar normalmente.

Selección de acciones: Selecciona las acciones a realizar. Elige un estudiante de tu mano y ponlo en el cuadro de mandos, de forma que tape la acción correspondiente. A continuación, emplea a tus científicos para seleccionar una o más acciones, según el caso, como se explica más abajo. Nota: no puedes repetir la acción de la carta de estudiante.
Resolución de acciones: En el orden que desees, resuelve cada una de las acciones seleccionadas, retirando al hacerlo al estudiante o científicos correspondientes. Las cartas de estudiante retiradas van a al mazo de descarte, pero los científicos los recuperas para tu siguiente turno. Si no has disparado en este turno, además de tus 2 científicos, coge también al científico extra, que te ayudará durante el turno siguiente. Si ya lo tenías y en este turno has disparado, devuélvelo.
Reclutar un nuevo estudiante: Una vez resueltas las acciones, roba una nueva carta. Deberás seguir robando al final de cada turno hasta que se acabe el mazo de robo. Una vez se acabe el mazo de robo, seguirás jugando con las cartas que te queden en la mano. Cuando se haya empleado a todos los estudiantes (no tengas cartas en la mano), vuelve a barajar los estudiantes para formar un nuevo mazo de robo y robad dos cartas cada uno, para continuar normalmente.