Shadows in Kyoto es un juego abstracto para dos jugadores basado en los antecedentes de Hanamikoji en el que los jugadores toman el control del Oniwaban, un grupo de espías encubiertos, protegiendo secretamente al Shogun, o una agencia de inteligencia del Gobierno Meiji, financiada con la avanzada tecnología de la Revolución Industrial Occidental.
Como los comandantes, los jugadores deben reunir secretamente la inteligencia clave del oponente mientras protegen sus propios intereses. A través de movimientos, conflictos y tácticas, los jugadores tienen tres caminos diferentes hacia la victoria: