Small Star Empires es un juego rápido de control de área para 2-4 jugadores. En este juego, los jugadores colonizan la galaxia usando sus naves, que mueven en un tablero modular que contiene espacios hexagonales (sistemas). El tablero modular está compuesto por siete fichas de sectores de doble cara diferentes, lo que permite un mapa diferente y una experiencia diferente cada vez que se juega.

Durante un turno, un jugador debe mover una de sus naves en el tablero. Puede mover la nave sólo en línea recta, tan lejos como quiera, pero no puede pasar por encima de los sistemas controlados por otros jugadores. Después de mover la nave, el jugador tiene que elegir entre colocar una colonia o una estación comercial en ese sistema. Ambos marcan el control del sistema hasta el final del juego, pero la estación comercial le da al jugador puntos de bonificación por cada sistema adyacente controlado por sus oponentes. El juego termina cuando todos los jugadores han colocado sus colonias y estaciones de comercio en el tablero o hasta que ninguna de las naves de los jugadores pueda moverse (porque han sido bloqueadas por los sistemas de otros jugadores).

Una vez que el juego termina, se calculan los puntos. Cada jugador obtiene un punto por cada planeta que tenga en sus sistemas. (Los sistemas tienen de 1 a 3 planetas en el tablero.) Los jugadores también ganan puntos por las Nebulosas; cuanto más tengan de un color, más puntos ganan, con puntos extra de otros sistemas especiales como las Fichas de Sistemas Inexplorados, que forman parte de una variante del juego. Después de calcular los puntos, ¡el jugador con más puntos gana!