En los lugares más lejanos del mundo, la magia todavía existe, encarnada por los espíritus de la tierra, del cielo y de todas las cosas naturales. A medida que las grandes potencias de Europa extienden sus imperios coloniales cada vez más lejos, inevitablemente reclamarán un lugar donde los espíritus todavía tienen el poder, y cuando lo hagan, la propia tierra luchará junto a los isleños que viven allí.

Spirit Island es un complejo y temático juego cooperativo sobre la defensa de tu isla de los invasores colonizadores. Los jugadores son diferentes espíritus de la tierra, cada uno con sus propios y únicos poderes elementales. En cada turno, los jugadores eligen simultáneamente cuál de sus cartas de poder jugar, pagando la energía para hacerlo. El uso de combinaciones de cartas de poder que coincidan con las afinidades elementales de un espíritu puede otorgar efectos de bonificación gratuitos. Los poderes más rápidos surten efecto inmediatamente, antes de que los invasores se extiendan y hagan estragos, pero otras magias son más lentas, por lo que es necesario pensar y planificar para usarlas de forma efectiva. En la fase de Espíritu, los espíritus ganan energía, y eligen cómo / si crecer: para recuperar las tarjetas de poder usadas, para buscar nuevos poderes, o para extender la presencia en nuevas zonas de la isla.

Los Invasores se expanden a través del mapa de la isla de forma semi-predecible. Cada turno exploran en algunas tierras (porciones de la isla); en el siguiente turno, construyen en esas tierras, formando asentamientos y ciudades. El turno siguiente, hacen estragos allí, trayendo la plaga a la tierra y atacando a cualquier isleño nativo presente.

Los isleños luchan contra los invasores cuando son atacados, y prestan a los espíritus alguna otra ayuda, pero no siempre lo hacen exactamente como se esperaba. Algunas Potencias trabajan a través de los isleños, ayudándoles (por ejemplo) a expulsar a los invasores o a limpiar la tierra de la plaga.

El juego se intensifica a medida que avanza: los espíritus extienden su presencia a nuevas partes de la isla y buscan nuevos y más potentes poderes, mientras que los Invasores intensifican sus esfuerzos de colonización. Cada turno representa de 1 a 3 años de historia alternativa.

Al comienzo del juego, para ganar hay que destruir hasta el último asentamiento y ciudad del tablero, pero a medida que asustas más y más a los Invasores, la victoria se hace más fácil: huirán aunque quede algún número de asentamientos o ciudades. La derrota llega si se destruye algún espíritu, si la isla es invadida por la plaga o si la cubierta de los Invasores se agota antes de alcanzar la victoria.

El juego incluye diferentes adversarios contra los que luchar (por ejemplo: una colonia minera sueca, o una remota colonia británica). Cada uno de ellos cambia el juego de manera diferente, y ofrece un camino de dificultad diferente que se potencia para mantener el juego desafiante a medida que vas ganando habilidad.