De las cenizas de la guerra, las naciones se elevan al poder en la era at贸mica. Cada jugador toma el control de una naci贸n que lucha por el poder en la 煤ltima parte del siglo XX. Construyen la industria, el comercio y el gobierno de su naci贸n mediante la adquisici贸n de recursos, la construcci贸n de estructuras y la explotaci贸n de fuentes de energ铆a. El precio del petr贸leo est谩 subiendo, y la energ铆a nuclear es la ola del futuro. The Manhattan Project: Energy Empire est谩 situado en el mismo "universo" que The Manhattan Project, pero es un juego independiente, no una expansi贸n.
La mayor amenaza en The Manhattan Project: Energy Empire no es la guerra, sino los inciertos impactos globales, que resultan de los efectos secundarios de la industrializaci贸n y la contaminaci贸n. Muchas acciones tienen un costo. As铆 que, a medida que las naciones se vuelven m谩s industriosas, tambi茅n aumentan la cantidad de contaminaci贸n en el medio ambiente. El uso cuidadoso de la ciencia puede mitigar los efectos da帽inos de la industria, y tambi茅n puede ayudar a evitar las crisis mundiales.
El Imperio de la Energ铆a utiliza la colocaci贸n de los trabajadores, la construcci贸n de cuadros y la mec谩nica de gesti贸n de los recursos. En cada turno, un jugador puede elegir entre trabajar o generar. En un turno de trabajo, un jugador juega con un solo trabajador en el tablero principal, y luego utiliza trabajadores y energ铆a para activar las cartas de su cuadro. Los jugadores pueden gastar energ铆a para utilizar un espacio ocupado en el tablero principal, de modo que ning煤n espacio quede completamente bloqueado. En un turno de generaci贸n, los jugadores consiguen renovar su suministro de energ铆a tirando "dados de energ铆a" que representan la energ铆a nuclear, el carb贸n, el petr贸leo, la solar y otras formas de energ铆a.