Durante años los viles Caballeros de la Perdición han buscado reunir a los restantes Thunderstones para cumplir una profecía de corrupción sobre las tierras. Ahora el primer Thunderstone ha sido descubierto en las mazmorras de Grimhold y los Caballeros de la Muerte han enviado a sus secuaces a reclamar la reliquia. Los aldeanos de Barrowsdale reúnen almas valientes para enfrentar el calabozo y mantener el Thunderstone fuera de las manos de los Caballeros de la Muerte.

El Thunderstone es un juego de construcción de barajas de fantasía muy al estilo del Dominio. Antes de que el juego empiece, una selección de cartas de Pueblo y Héroe serán elegidas al azar que los jugadores podrán añadir a sus mazos específicos. Al igual que Dominion, cada jugador comienza con una baraja básica de cartas más débiles que puede utilizar para comprar otras más poderosas. En el Thunderstone estas cartas pueden ser diferentes Héroes como magos, arqueros, ladrones o guerreros o pueden ser suministros que los héroes necesitan como armas, raciones o luz para llegar más lejos en el calabozo.

Una baraja de mazmorra también se crea combinando varios grupos diferentes de monstruos. Ciertos grupos de monstruos pueden ser más o menos susceptibles a diferentes tipos de Héroes, por lo que los jugadores tendrán que tener esto en cuenta cuando elijan qué comprar.

En lugar de comprar insignificantes Puntos de Victoria, los jugadores usarán su mazo para derrotar a los monstruos del calabozo. De la baraja de monstruos, se coloca una fila de cartas. Los jugadores pueden elegir en su turno atacar a un monstruo en el mazo en lugar de visitar la ciudad y comprar cartas. Si hacen esto, juegan cartas de su mano y resuelven sus habilidades para aumentar la fuerza y tener suficiente luz para alcanzar un monstruo específico. Algunos monstruos también tienen habilidades especiales que pueden dificultar al jugador. Si tienen suficiente fuerza, derrotan al monstruo y colocan esa carta en su mazo. Esta carta vale puntos de victoria y a menudo puede ser usada como dinero para comprar otras cartas. Además de esto, los jugadores reciben puntos de experiencia por derrotar monstruos que pueden ser usados para actualizar a sus héroes en versiones más poderosas. El juego se juega hasta que el Thunderstone es revelado desde el calabozo y un jugador puede reclamarlo. El jugador con más puntos de victoria en su mazo es el ganador.