En Underwater Cities, donde cada jugador tarda unos 30-45 minutos, los jugadores representan los cerebros más poderosos del mundo, cerebros nominados debido a la superpoblación de la Tierra para establecer las mejores y más habitables áreas submarinas posibles.

El principio principal del juego es la colocación de las cartas. Se colocan tres cartas de color a lo largo del borde del tablero principal en ranuras de 3 x 5, que también son de color. Lo ideal es que los jugadores puedan colocar las cartas en ranuras del mismo color. Entonces pueden tomar tanto acciones como ventajas: la acción representada en la ranura del tablero principal y también la ventaja de la carta. Las acciones y ventajas pueden permitir a los jugadores tomar materias primas; construir y mejorar cúpulas de ciudades, túneles y edificios de producción como granjas, dispositivos de desalinización y laboratorios en su área submarina personal; mover su marcador en la pista de iniciativa (lo cual es importante para el orden del jugador en el siguiente turno); activar las "cartas A" del jugador; y recolectar cartas, tanto especiales como básicas, que permiten mejores posibilidades de decisión durante el juego.

Las casi 220 cartas, ya sean especiales o básicas, se dividen en cinco tipos según el modo y el momento de su uso. Las áreas submarinas están planificadas para ser de doble cara, dando a los jugadores muchas oportunidades de conseguir puntos de victoria y finalmente ganar.