En Zooloretto Duell, dos jugadores compiten por tener el mejor zoo. Los jugadores roban cartas mediante el mecanismo utilizado en el Zooloretto original; en cada turno un jugador añade una carta a uno de los montones o toma un montón. Obtienen puntos por tener la mayoría de los animales de una especie cuando hay un número específico de esta especie en los zoológicos. El juego incluye seis especies diferentes. Algunas de las cartas de animales tienen símbolos que desencadenan acciones especiales cuando un jugador toma una segunda carta de esta especie con el mismo símbolo:

Corazón: El jugador toma una cría de animal de esa especie, si está disponible.
Carta: El jugador busca en la pila de descartes y toma una carta de su elección.
Rayo: El jugador debe tomar un marcador de -1 punto.

Si un jugador recoge un símbolo por tercera vez, la acción especial no se lleva a cabo; en su lugar, el jugador descarta la carta y toma un marcador de -1 punto.

Algunas cartas tienen puestos de comida, que te dan dinero si tienes el mismo símbolo (pretzels, refrescos o helados) dos veces. Este dinero se puede utilizar para robar un animal al adversario o para deshacerse de todos los marcadores de -1 punto. El primer jugador que tenga todos los tipos de puestos diferentes gana puntos de bonificación.

El final de la partida se activa después de la sexta puntuación en el juego o cuando se revela la carta de "última ronda". Después de la puntuación del final de la partida, el jugador con más puntos gana.

Corazón: El jugador toma una cría de animal de esa especie, si está disponible.
Carta: El jugador busca en la pila de descartes y toma una carta de su elección.
Rayo: El jugador debe tomar un marcador de -1 punto.

Si un jugador recoge un símbolo por tercera vez, la acción especial no se lleva a cabo; en su lugar, el jugador descarta la carta y toma un marcador de -1 punto.